细胞焦亡分型和APOD预测胃癌患者预后作用的生物信息学分析
目的:寻找胃癌(GC)患者的预后标志物,实现GC的早诊早治,为提高GC患者的生存率提供依据.方法:从癌症基因图谱(TCGA)数据库和GSE84437数据集下载407和433例GC患者的临床数据和转录组数据并合并,根据细胞焦亡相关基因的表达水平和ConsensusClusterPlus数据包对GC组织样本进行聚类分型,分为A分型(342例)和B分型(465例),将GC患者按照载脂蛋白D(APOD)水平分为低表达组和高表达组.采用survminer数据包比较不同分型患者预后的差异,采用ssGSEA算法比较不同分型患者免疫浸润的差异,采用Lasso回归和Cox回归构建GC患者预后风险模型,对模型基因进行临床性状过滤,采用公共数据库分析APOD在癌旁正常组织和GC组织中表达水平的差异,采用基因富集分析(GSEA)分析APOD的京都基因与基因组百科全书(KEGG)信号通路富集情况,采用CIBERSORT 算法评估免疫细胞含量并分析其与APOD表达的相关性,采用在线网站分析APOD的药物敏感性.结果:2种细胞焦亡分型患者预后比较差异有统计学意义(P= 0.002);A分型患者中22种免疫细胞含量均高于B分型(P<0.01);不同年龄(P<0.01)、N分期(P=0.04)患者2种细胞焦亡分型百分率差异有统计学意义.公共数据库分析,在GC患者肿瘤组织中APOD表达水平低于癌旁正常组织;生存分析,高表达组GC患者预后较低表达组差;临床相关性分析,不同T分期患者APOD表达水平比较差异有统计学意义(P<0.05);GSEA分析,高表达组在细胞黏附通路、白细胞内皮迁移通路和缝隙连接通路富集;免疫浸润分析,高表达组中滤泡辅助T淋巴细胞、CD4+记忆激活T淋巴细胞、静息自然杀伤(NK)细胞和中性粒细胞含量少于低表达组;APOD与CXC趋化因子配体 12(CXCL12)(r=0.500,P<0.01)、转化生长因子 B1(TGFB1)(r=0.313,P<0.01)、CC趋化因子配体 19(CCL19)(r=0.518,P<0.01)和CX3C趋化因子受体1(CX3CR1)(r=0.444,P<0.01)呈正相关关系;药物敏感性分析,APOD与AZD-7762、KW-2449和TG-101348呈正相关关系(0<r<0.3,P<0.05).结论:依据焦亡分型可以较好地评估GC患者的预后;APOD可以成为GC新的预后标志物和治疗靶点.
胃肿瘤、细胞焦亡、载脂蛋白D、生存、预后、免疫浸润
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R735.2(肿瘤学)
国家自然科学基金;国家科技支撑计划
2023-11-07（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）
共12页
1268-1279
