基于加权基因共表达网络筛选糖尿病肾病的关键基因

摘要：

目的 使用加权基因共表达网络分析探究糖尿病肾病基因的协同共表达,寻找糖尿病肾病发病的潜在关键基因.方法 从GEO数据库下载GSE30122表达谱数据,根据基因的相关性,构建基因共表达模块,并计算模块基因与疾病的相关性,选取与疾病显著相关的关键模块,使用R包clusterprofiler数据库进行GO与KEGG富集分析,并根据基因log FC值与富集最显著的通路关联并分析.结果 MEturquoise模块与疾病呈显著相关性(P=0.02);利用limma包筛选出的差异表达基因与关键模块中基因取交集,共得到201个共有关键基因,主要富集于细胞黏附分子、糖尿病并发症中的AGE-RAGE信号通路,细胞黏附分子中的CDH3、F11R、VTCN1表达下调,ITGA8、NECTIN2、NTNG1表达上调;AGE-RAGE信号通路中MAPK13表达上调,而COL4A3、PLCE1、PLCG2、VEGFA表达下调.结论 细胞黏附分子中的CDH3、F11R、VTCN1、ITGA8、NECTIN2、NTNG1等基因与AGE-RAGE信号通路中的MAPK13、COL4A3、PLCE1、PLCG2、VEGFA等基因可能在DN的发生发展中起到关键作用.

关键词：加权基因共表达网络分析、糖尿病肾病、关键基因

所属期刊栏目：28

分类号：R587.2(内分泌腺疾病及代谢病)

在线出版日期：2021-06-23（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共6页

页码：826-831