基于SLAF-seq对云南常见茄子种质资源遗传多样性分析

摘要：

以从云南各州市收集的35份茄子种质资源为试材,运用简化基因组测序技术(specific-locus amplified fragment sequencing,SLAF-seq)对其进行遗传多样性分析,研究云南常见茄子种质资源的遗传多样性及开发特异性SNP标记,以期为云南茄子资源种质创新、杂交育种及砧木筛选提供参考依据.结果表明:从35份茄子种质资源中共获得147.42 Mb读长数据,不同资源的reads数目范围在1 474 699～8 628 640.测序获得的GC含量在38.29％～46.40％,平均GC含量为39.72％,对照为41.96％.测序质量值Q30在88.11％～93.56％,平均Q30值为91.00％,对照Q30为88.11％.根据测序结果共获得SLAF标签159 847个,其中多态性标签共84 119个,共筛选出3 006 351个高效性SNP标记.运用获得的SNP标记对35份茄子资源进行遗传多样性分析、聚类分析及群体PCA分析,结果表明35份茄子种质资源可分为5组.

关键词：云南省、茄子资源、简化基因组测序、遗传多样性、SNP标记

分类号：S641.1

资助基金：国家自然科学基金;云南省科技计划重点资助项目;云南泸西县蔬菜产业科技特派团资助项目

在线出版日期：2023-10-23（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共9页

页码：24-32