大白菜PUP基因家族的生物信息学分析

摘要：

为深入研究大白菜PUP基因家族的功能,采用生物信息学方法对大白菜基因组中PUP基因家族成员进行了鉴定,并对其基因组信息、蛋白生理生化特征、基因结构、保守结构域、系统进化树和表达模式等方面进行了研究.结果表明:在大白菜基因组中共鉴定出了24个PUP基因,可以聚类到3个分支,Clade Ⅰ、Clade Ⅱ和Clade Ⅲ;PUP基因在大白菜10条染色体上不均匀分布,而且存在明显的串联重复现象并在染色体上呈现5个串联重复基因簇,说明串联复制是PUP基因家族基因扩增的主要方式;对BrPUP蛋白氨基酸序列多重比对和蛋白跨膜域的分析表明BrPUP蛋白一般存在10个跨膜域,为典型的跨膜蛋白;通过MEME软件对BrPUP蛋白motif的预测还发现了10个比较保守的motif;最后利用Unigene数据库中的EST表达数据对BrPUPs的表达模式进行了初步研究.上述研究结果为大白菜PUP基因功能的研究奠定了基础.

关键词：大白菜、嘌呤透性酶、基因家族、生物信息学

分类号：S634.101(蔬菜园艺)

资助基金：国家自然科学基金资助项目31700272;山东省自然科学基金资助项目ZR2017PC012

在线出版日期：2018-11-21（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共9页

页码：8-16