矮丛蓝莓品种“美登”叶片转录组测序和生物信息学分析

摘要：

以矮丛蓝莓品种“美登”为试材,采用第二代测序技术对其嫩叶转录组进行了测序及生物信息学分析,研究了矮丛蓝莓功能基因组信息,以期增加对矮丛蓝莓生长发育分子机理的了解,并为矮丛蓝莓的分子标记辅助育种奠定基础.结果表明:在获得的约1G纯净数据,共拼装了41 929条Unigenes,其中被GO数据库成功注释Unigene分别涉及到生物学过程、细胞成分及分子功能相关的共45类生理代谢功能;KOG数据库注释到19 149条Unigenes,共涉及25条代谢通路;KEGG数据库成功注释13 072条Unigenes,共涉及到5个大类、18个中类、129条代谢通路;Nr数据库成功注释30 738条Unigenes,这些Unigenes共对应32 949条蛋白质的编码区.同时,生物信息学分析还显示,全部Unigenes中,有884条编码转录因子,涉及到55个家族;2 261条编码抗性基因,涉及18个家族;检测到6 591个SSR位点,其中2碱基重复的SSR数目最多,占总SSR位点数的70％.

关键词：生物信息学、矮丛蓝莓、转录组、高通量测序

分类号：S663.203.6(果树园艺)

资助基金：国家自然科学基金资助项目31560091;贵州省科技厅重点资助项目黔教合KY字[2013]186;贵州省科技成果重点推广计划资助项目黔科合成字[2014]5007-1号.

在线出版日期：2017-03-10（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页码：101-107