河北保定地区苹果锈果类病毒分离物的序列分析

摘要：

以采自河北保定的苹果锈果类病毒(apple skin scar viroid,ASSVd)样本为试材,采用用RT-PCR方法对样本中的ASSVd全基因组序列进行扩增,然后利用生物学软件MEGA 6.0对该分离物与已发表的其它分离物序列构建系统发育树,对系统进化关系进行分析.结果表明:ASSVd保定分离物基因组全长332 nt,将序列提交到GenBank,登录号为KR264032.该分离物与已发表的其它13个来自不同寄主、不同国家的ASSVd分离物间进化关系极近,核苷酸相似性为92％～99％.与加拿大苹果上的X71599株系亲缘关系最近,相似性为99％,仅在第221位有一个碱基差异,与新疆梨上的JX861259株系亲缘关系最远.系统发育分析表明,不同地区的ASSVd分离物聚类没有规律性,说明ASSVd不存在地区专化性.新疆梨、桃、杏、苹果不在同一分支,说明ASSVd可能存在一定的寄主特异性.二级结构预测表明,该分离物的中央保守区与末端保守区与ASSVd其它序列相同.

关键词：苹果锈果类病毒、保定、序列分析、二级结构

分类号：S436.611.1+5(病虫害及其防治)

资助基金：国家苹果现代产业技术体系资助项目CARS-28;河北省高等学校科学技术研究资助项目YQ2014023;河北省青年拔尖人才计划资助项目.

在线出版日期：2016-05-10（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页码：103-106