奥密克戎BA.1变异株在全球的流行和刺突蛋白的进化分析

摘要：

新型冠状病毒Omicron变异株出现之后,在全球暴发流行过程中不断进化出传播速度更快、免疫逃逸能力更强的进化分支,为了探究BA.1变异株在全球暴发流行的特征及刺突蛋白(Spike,S)基因的进化特征,本研究对其全基因序列的全球报告情况和S基因的进化特征进行了分析.本文通过全球共享流感数据倡议组织(Global Initiative of Sharing All Influenza Data,GISAID)获取 Omicron BA.1 系列变异株的全基因序列信息,分析 BA.1 系列变异株S基因氨基酸突变并构建系统进化树和进行贝叶斯系统进化分析.本研究提示全球约有1.2亿人被BA.1系列变异株感染,全球提交的BA.1系列变异株序列数在其出现2个月后达到高峰,5个月后占新型冠状病毒的比例下降到4.38％,累计提交BA.1全基因序列最多的区域是欧洲、美洲;截止2022年10月,BA.1系列变异株中序列提交数占绝对优势的是BA.1.1(42.07％),其次是BA.1(18.81％).对S基因的氨基酸变异分析显示BA.1有56个进化分支,其中48个分支稳定遗传了 Omicron原始株S蛋白中的18个氨基酸突变位点.对BA.1 S基因的进化分析显示其共同祖先形成时间(TMRCA)可追溯到2020年11月,S基因平均碱基替代速率为9.36×10-4替换/位点/年,2021年3月BA.1流行过程中形成两个独立簇,推测G346K、G446S突变位点可能是提高病毒传播力的主要突变.本研究分析了 BA.1系列变异株的流行及进化特征,其在短时间内迅速替代Delta毒株,成为全球绝对优势流行株,并有迅速被BA.2亚型代替的潜力.此外,BA.1在全球3～4个月的流行中,逐渐演变出56个进化分支,在全球流行时间短、出现部分稳定遗传的氨基酸突变、进化速率较快.因此,需密切关注Omicron系列变异株基因序列变异变迁、监测新增突变位点,及时研判新变异株的传播力、免疫逃逸能力和致病力.

关键词：奥密克戎BA.1、进化分支、刺突蛋白、全球流行、进化分析

所属期刊栏目：39

分类号：R373.1(医学微生物学（病原细菌学、病原微生物学）)

资助基金：国家重点研发计划2022YFE0202800

在线出版日期：2023-06-14（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共11页

页码：609-619