基于GEO数据分析的猪病毒源siRNA

摘要：

RNA干扰(RNA interference,RNAi)是宿主细胞抗病毒的关键方法之一,其核心切割酶Dicer会将病毒复制过程中产生的双链RNA切割成长度为21-23 nt小干扰RNA(small interfering RNA,siRNA).病毒源siRNA可直接靶向降解病毒的mRNA,阻断病毒复制.本研究一方面筛选NCBI GEO(National Center for Biotechnology Information Gene Expression Omnibus)数据库中有关猪病毒感染后产生的小RNA序列,分析比对病毒vsiRNA以探讨vsiRNA数量和其在病毒基因区域的存在规律.研究结果表明RNAi系统中Dicer对正链RNA病毒有一定的切割偏好性,并且可以识别与切割DNA病毒转录过程中产生的双链RNA.另一方面,本研究发现猪流行性腹泻病毒(Porcine epidemic diarrhea virus,PEDV)感染猪骨髓源树突状细胞后,宿主细胞的IFN-α、IFN-β与Dicer的表达量均显著下调,表明PEDV通过抑制IFN及RNAi的产生来实现免疫逃避.综上,本研究以猪相关病毒感染细胞时所产生的vsiRNA为切入点,探讨RNAi在抗病毒过程中的作用,为猪相关疫病的研究以及防控提供一种新的思路.

关键词：RNA干扰、抗病毒系统、生物信息分析、siRNA

所属期刊栏目：39

分类号：S855.3(动物医学（兽医学）)

资助基金：国家自然科学基金;鸡传染性支气管炎病毒抑制鸡树突状细胞抗原提呈机理的研究;国家重点研发计划;宿主对畜禽冠状病毒的免疫应答和免疫保护机制;江苏省自然科学基金;新型黏膜免疫增强剂的开发及其调控鸡树突状细胞抗原递呈分子机制的研究

在线出版日期：2023-05-17（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共10页

页码：499-508