16条甲型肝炎病毒流行株基因型及全基因组特征分析

摘要：

为分析具有相同VP1-2A区基因序列的甲型肝炎病毒(Hepatitis A virus,HAV)流行株全基因组序列特征,收集我国6个省市不同年份同一起或不同起甲型肝炎(甲肝)暴发中,部分甲肝病例急性期血清标本,提取HAV RNA,进行VP1-2A区基因分型,RT-PCR分段扩增HAV近全基因组序列,构建系统进化树,分析基因组特征.本研究获得16条HAV近全基因组序列,均属于基因ⅠA亚型,核苷酸和氨基酸序列同源性分别为95.81％～100％和99.23％～100％.与GenBank中HAV序列比较,15条序列与Man12-001(蒙古国株)最接近,核苷酸和氨基酸序列同源性分别为97.87％～99.81％和99.55％～99.95％;1条序列与HAJEF-K12(日本株)最接近,核苷酸和氨基酸序列同源性分别为99.37％和99.91％.本文中VP1-2A区序列完全相同的HAV流行株,来源于同一起甲肝暴发时,HAV近全基因组核苷酸序列差异为0％～0.03％;来源于不同起暴发时,核苷酸序列差异为0.18％～0.99％.16条HAV序列在已发表的中和抗原表位未发现变异,编码区氨基酸序列处于负向选择压力,16条序列间及与参考序列间未发现基因重组.本研究表明我国存在多株HAV流行株,主要为基因ⅠA亚型;VP1-2A区序列完全相同的HAV流行株,来源于同一起甲肝暴发的HAV全基因组核苷酸序列同源性高于不同起暴发的HAV序列同源性.HAV基因分型及全基因序列分析与现场流行病学调查结果相结合,更有利于HAV溯源分析.

关键词：甲型肝炎病毒、基因分型、全基因组序列

所属期刊栏目：38

分类号：R183.4(流行病学与防疫)

资助基金：国家科技重大专项2018ZX10201002-004-003

在线出版日期：2022-11-24（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共8页

页码：1397-1404