深圳市一株境外输入新型冠状病毒C.1.2变异株的分子特征分析

摘要：

为了了解境外输入的新型冠状病毒(SARS-CoV-2)变异株的分子特征,本研究对2021年6月深圳市一株从南非输入的SARS-CoV-2毒株进行了全基因组测序和序列分析.Illumina测序技术获得的SARS-CoV-2毒株基因组长度为29567nt.根据"Pango lineages"分型法,本研究测定的毒株属于C.1.2系,该谱系属世界卫生组织定义的监测变异株(Variants Under Monitoring,VUM)成员之一.与参考株 Wuhan-Hu-1(NC_045512.2)比较,本研究 C.1.2系毒株共出现了 58个核苷酸变异位点,其中56个变异位点位于编码区.氨基酸变异位点共有33个,氨基酸变异位点分布于6个开放阅读框,变异数由多到少依次为:S蛋白区12个,ORFlab蛋白区9个,ORF3a蛋白区2个,M区2个,ORF8区2个,E区1个.本研究测定的SARS-CoV-2毒株属我国大陆首例境外输入的C.1.2变异株.开展境外输入的SARS-CoV-2毒株基于基因组测序的分子监测,对防控由境外输入的SARS-CoV-2变异株引起本地新型冠状病毒肺炎(COVID-19)暴发与流行具有重要意义.

关键词：SARS-CoV-2、C.1.2变异株、深圳地区、基因组序列

所属期刊栏目：38

分类号：R373.1(医学微生物学（病原细菌学、病原微生物学）)

资助基金：深圳市科技创新委员会技术攻关重点项目;深圳市科技创新委员会技术攻关重点项目;深圳市科技创新委员会技术攻关面上项目

在线出版日期：2022-04-19（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共6页

页码：278-283