貉源阿留申病毒全基因组测序及末端序列分子特征分析

摘要：

貉源阿留申病毒(Raccoon dog and arctic fox amdoparvovirus,RFAV)是自然感染貉和蓝狐的新种阿留申病毒(Amdoparvovirus),为测序RFAV全基因组序列,预测分析RFAV末端发夹结构序列分子特征.本研究采用分段克隆成功获得3株长4 832nt、4 827nt、4 830nt的RFAV全基因组序列,分别命名为RFAV-Y9J、RFAV-RD15、RFAV-HS-R,利用在线软件预测RFAV末端序列二级结构,并与水貂阿留申病毒(AMDV)末端序列进行同源性比对.结果显示阿留申病毒种间、种内3”末端基因组序列保守性强,均存在116nt的Y型发夹结构;RFAV-Y9J与RFAV-RD15毒株5”末端分别存在310nt、305nt的U型发夹结构,RFAV和AMDV种内5”末端基因组序列保守性强,而种间5”末端基因组序列有较大变异.本研究首次完整测序了 RFAV的3”和5”末端序列,为其他种阿留申病毒的末端序列扩增提供一种有效方法,为构建RFAV的全基因组序列感染性克隆奠定了基础.

关键词：貉源阿留申病毒、全基因组、末端发夹结构

所属期刊栏目：37

分类号：S852.65(动物医学（兽医学）)

资助基金：吉林省自然科学基金;题目:阿留申病毒感染的宿主普调查与病毒扩张的基因变异分析;中国农业科学院科技创新工程专项经费

在线出版日期：2021-04-30（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共9页

页码：389-397