安徽省新型冠状病毒分离鉴定和全基因组序列分析

摘要：

新型冠状病毒(SARS-CoV-2)作为引起全球新型冠状病毒肺炎疫情蔓延的病原体而受到广泛关注.安徽省自2020年1月起陆续出现990例新型冠状病毒肺炎确诊病例.为探索SARS-CoV-2分离培养和二代测序方法构建,了解该病毒在安徽省传播的变异情况,为药物筛选和疫苗研发等工作提供基础和依据,本研究选取1例新型冠状病毒肺炎确诊病例咽拭子样本接种Vero细胞进行病毒分离培养,并逐日观察细胞病变,经荧光定量PCR检测确认病毒分离培养结果;采用SARS-CoV-2全基因组捕获技术及二代测序对毒株进行全基因组测序,并通过DNASTAR Lasergene MegAlign v7.1.0和PhyloSuite v1.2.1进行序列比对和进化分析;将全基因组序列上传国家基因组科学数据中心鉴定变异位点.结果 显示,样本接种Vero细胞第4d出现细胞病变,经荧光定量PCR检测确认为SARS-CoV-2毒株.该毒株基因组序列全长29860bp,与SARS-CoV-2参比序列相似度均在99％以上,共有9个位点发生突变.与蝙蝠来源SARS样冠状病毒Bat Yunnan RaTG13相似度最高,为96.8％.本研究通过Vero细胞成功分离培养了新型冠状病毒,并分析了安徽省首个SARS-CoV-2毒株全基因组序列,为了解病毒生物学特性提供了重要的参考信息.

关键词：新型冠状病毒(SARS-CoV-2)、全基因组序列、Vero细胞

所属期刊栏目：36

分类号：R373.1(医学微生物学（病原细菌学、病原微生物学）)

资助基金：安徽省新型冠状病毒肺炎疫情应急科研攻关;题目:新型冠状病毒基因分子变异与进化研究;安徽省新型冠状病毒肺炎疫情应急科研攻关;题目:新冠病毒肺炎流行病学及临床特征研究

在线出版日期：2020-10-20（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共7页

页码：751-757