北京市朝阳区1例输入性SARS-CoV-2全基因组序列分析

摘要：

北京市朝阳区在连续40d没有新增本土COVID-19确诊病例的情况下,出现了1例潜伏期超过14d的境外回国COVID-19确诊病例.为分析北京市朝阳区1例COVID-19患者是否为输入病例,进行了全基因组序列测定和遗传特性分析,本研究采用高通量测序技术配合Ion Torrent系列仪器和试剂对患者咽拭子中的SARS-CoV-2进行测序,同时应用对应插件或软件分析其全基因组同源性和变异情况.结果 显示,该病例标本中测得1株SARS-CoV-2毒株,共29 876 bp,BLAST结果显示与其他国家和地区分离株的相似性高于与中国分离株的相似性.系统进化树中该毒株与2003年感染人的SARS冠状病毒和蝙蝠中分离的SARS冠状病毒明显不同,分处不同进化分支;该毒株与中国分离株分处不同的簇,而和美国分离株聚集在一簇.另外,突变分析显示存在3个改变氨基酸性质的非同义突变.本研究提示,该病例为美国输入的SARS-CoV-2感染病例,应注意境外输入性COVID-19的传播,并适当延长隔离观察期限;该毒株在患者的1例关联病例中发生了部分核苷酸突变,对SARS-CoV-2的致病力等的影响有待进一步研究.

关键词：SARS-CoV-2、COVID-19、高通量测序、Ion Torrent、输入病例

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分类号：R373.1;R511(医学微生物学（病原细菌学、病原微生物学）)

资助基金：环境模拟与污染控制国家重点联合实验室清华大学2020年度开放课题;题目:污水中新型冠状病毒检测与风险识别;社会发展计划;题目:2022年冬奥会突发公共卫生事件应急保障技术平台建设

在线出版日期：2020-10-20（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共6页

页码：745-750