中国广东省18株柯萨奇病毒A6型分离株全基因组特征分析

摘要：

为了解2013年广东省引起手足口病的CVA6全基因组特征,探索研究暴发流行期与非流行期CVA6毒株间的基因异同,本研究选取18株广东省CVA6毒株进行全基因组序列扩增及测序,采用DNASTAR6.0、MEGA5.2和SimPlot3.5.1等软件对获取全基因组序列进行遗传进化、比对及重组分析.序列比对显示,18株广东省CVA6毒株基因组长度在7 390～7 392bp之间,与原型株Gdula比较,在编码区无碱基插入或缺失,在非编码区存在个别碱基的插入或缺失.遗传进化分析显示,18株广东省CVA6毒株全基因组序列核苷酸和氨基酸同源性分别为90.5％～99.6％和97.5％～99.9％.2013年广东省CVA6流行期毒株在全基因组进化树中处于Ⅲ、Ⅳ两个分支,2011年非流行期毒株只存在于Ⅳ分支.基因重组分析显示,广东省GD870/2013株在P2和P3区存在基因重组现象,GD839/2013株未发现明显的重组来源.结果表明,2013年广东省引起手足口病的CVA6在暴发流行期存在Ⅲ、Ⅳ两条病毒传播链的共同流行,其中Ⅲ传播链在非结构蛋白编码区存在基因重组现象,与Ⅳ传播链相比具有较大基因差异,然而2011年CVA6非流行期间只存在Ⅳ病毒传播链.

关键词：手足口病、柯萨奇病毒A6型、全基因组

所属期刊栏目：32

分类号：R373.2(医学微生物学（病原细菌学、病原微生物学）)

资助基金：广东省医学科研基金B2014020

在线出版日期：2016-10-25（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页码：566-573