基于复制酶基因序列的黄瓜绿斑驳花叶病毒系统进化及生物信息学分析
本研究对江苏、浙江、湖南和北京等四个地区的葫芦、西瓜、黄瓜、西葫芦和甜瓜上的黄瓜绿斑驳花叶病毒(Cucumber green mottle mosaic virus,CGMMV) 129 kD和57 kD蛋白复制酶基因分别进行扩增、测序和序列分析.结果显示,供试CGMMV分离物CGMMV-No.1、CGMMV-No.2、CGMMV-No.3、CGMMV-No.4和CGMMV-No.5的129 kD和57 kD蛋白复制酶基因序列相似性分别为99.64％和99.74％,其中CGMMV-No.1、CGMMV-No.3和CGMMV-No.4的相似性较高,三者的129 kD和57 kD蛋白复制酶基因序列相似性分别为99.95％和99.94％,而CGMMV-No.2的129 kD和57 kD蛋白复制酶基因序列与其余四个参比序列的相似性相对较低,分别为99.16％～99.27％和99.04％～99.18％;供试样品在基于129 kD和57 kD蛋白复制酶基因序列构建的NJ系统发育树中均被分为6个类群,CGMMV-No.1、CGMMV-No.3、CGMMV-No.4与GenBank上已报道的中国山东分离物(Accession No.KJ754195)聚为一支,CGMMV-No.5与中国辽宁分离物(Accession No.EF611826)聚为一支,而浙江的CGMMV-No.2西瓜分离物在129 kD蛋白复制酶基因系统发育树中与韩国西瓜分离物(AccessionNo.AF417242)聚为一支,其在57 kD蛋白复制酶基因系统发育树中独立成群.本研究中供试CGMMV分离物的129 kD和57 kD蛋白均无显著疏水性,也无高度卷曲螺旋部位,ProtParam预测显示仅CGMMV-No.4的129 kD蛋白为稳定蛋白,其余均为不稳定蛋白,CGMMV-No.1、CGMMV-No.2、CGMMV-No.3和CGMMV-No.5的129kD蛋白分别有6个、6个、2个和4个可能的跨膜结构区域,CGMMV-No.2、CGMMV-No.4和CGMMV-No.5的57 kD蛋白分别有13个、13个和5个可能的跨膜结构域,供试样品129 kD蛋白的糖基化位点分别有2个、4个、4个、4个和4个,57 kD蛋白的糖基化位点分别有2个、5个、2个、5个和2个,其129 kD和57 kD蛋白的紊乱区、球蛋白区、磷酸化位点以及B细胞抗原表位位点均存在差异.综合分析认为,供试CGMMV分离物复制酶基因序列相似性较高,种内稳定且保守,种间差异明显;CGMMV-No.1、CGMMV-No.3、CGMMV-No.4和CGMMV-No.5与中国山东、辽宁分离物的亲缘关系较近,可能具有相同的侵染来源,而CGMMV-No.2与韩国分离物的亲缘关系较近,序列相似性高的供试样品在系统发育树中聚为一类;供试CGMMV分离物129 kD和57 kD蛋白生物信息学分析结果不具规律性.
黄瓜绿斑驳花叶病毒、复制酶基因、系统进化树、生物信息学
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S432.4(病虫害及其防治)
公益性行业农业科研专项;国家自然科学基金
2015-12-30（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）
620-628
