河南省猪戊型肝炎病毒HN-JY40的全基因组序列测定及分析

摘要：

本文旨在测定猪戊型肝炎病毒HN-JY40株的全基因组序列,并对其序列特征和进化关系进行分析.设计8对引物,利用RT-PCR、3 ' RACE和5 ' RACE技术得到了戊型肝炎病毒(Hepatitis E virus,HEV)河南分离株HN-JY40的近似全基因组序列,命名为“HN-JY40”;用Expasy、Megalign、Clustal X和MEGA 4等生物学软件进行序列分析、同源比对和进化树的构建.测序得到的HN-JY40序列去除polyA后全长7 223 bp,5 ' UTR有9个碱基,3 ' UTR全长69 bp.ORF1(5 124 bp)编码1 707个氨基酸,ORF2(2 025 bp)编码674个氨基酸,ORF3(345 bp)编码114个氨基酸.全基因组相似性分析发现,HN-JY40为典型的基因4型病毒,且属于一个新亚型.猪HN JY40ORF1的部分核苷酸(153～432 bp)与人源HK104-2004同源性高达到96％,为揭示戊型肝炎的跨种传播提供了新的分子生物学依据.

关键词：猪戊型肝炎病毒HN-JY40、RT-PCR、3’RACE、5’RACE、序列分析、同源性

所属期刊栏目：31

分类号：S852.65(动物医学（兽医学）)

在线出版日期：2015-07-10（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页码：231-238