鸡传染性支气管炎病毒变异株全基因组序列分析
为了明确传染性性支气管炎病毒(Infectious bronchitis virus,IBV)分离株CK/CH/SD09/005的分子特征,以进一步丰富国内IBV的分子流行病学信息.本研究设计了25对引物对其全基因组进行了序列测定,并与参考株进行了同源性比较和S1基因遗传进化分析.结果显示CK/CH/SD09/005基因组为27 691bp(不包括5'端Cap和3 '端Poly A).全基因组同源性比对发现,CK/CH/SD09/005仅与GenBank中广西2009年分离株GX-NN09032各基因高度同源(97％～99％).除GX-NN09032外,CK/CH/SD09/005基因组5'端复制酶基因(Gene 1)和3'端非转录区(Untranslated region,UTR)与2个QX基因型参考株ck/CH/LDL/091022和SDIB821/2012同源性最高,分别为97％和98％,但是3'端结构蛋白和非结构蛋白基因(S-3a-3b-3c/E-M-5a-5b-N)与这两个毒株同源性较低,仅为72％～90％.其ORF3c/E、5a、5b和N分别与韩国分离株1011、国内分离株CK/CH/LXJ/02I、DK/CH/HN/ZZ2004和YX10同源性最高,分别为97％、96％、99％和96％,而其ORF3a、3b和M与参考株同源性均低于90％.S1基因遗传进化分析发现,CK/CH/SD09/005和国内外39个参考株形成7个进化分支(基因型),CK/CH/SD09/005和2007以来几个分离株属于基因Ⅳ型,与其它6个基因型参考株S1和S2基因同源性为66％～69％和72％～81％,S1基因不仅表现广泛性点突变,而且有多处碱基插入和缺失,S2仅表现点突变.本研究结果表明CK/CH/SD09/005是一个变异株,可能是QX基因型IBV流行株与其它毒株重组进化而来,此外还涉及基因突变、插入和缺失等多种变异机制.
传染性支气管炎病毒、变异株、基因组、序列分析
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S855.3(动物医学（兽医学）)
山东省自然基金;现代农业产业技术体系建设专项
2014-08-28（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）
339-345
