10.3321/j.issn:1000-8721.2006.01.003
一株高度变异的中国SV40分离株的全基因组序列分析
对SV40中国云南分离株YNQD38进行了全基因组核苷酸序列测定.覆盖了整个基因组的9个重叠的基因片段被扩增和测序,与其它SV40株进行了序列比对并基于全基因序列建立了遗传进化树.结果显示:基因组全长5125bp,基因组构成与其它SV40毒株相似,均有6个开放读码框架和1个调控区.YNQD38与已被证实高度保守的其它SV40比,全基因组核苷酸同源性仅为91.0%.在SV40的保守区VP1、VP2、VP3、小t抗原(t-ag)和部分大T抗原(不包括大T抗原C末端)区,YNQD38与其它SV40之间核苷酸同源性分别为90.7%~91.1%、 91.7%~92.0%、90.2%~90.8%、92.8%~93.3%、88.5%~89.7%.在SV40的可变区大T抗原C末端(T-ag-C)编码区,YNQD38同源性更低,仅为65.7%~74.3%.YNQD38发生在保守区的核苷酸变异多为无义突变,而发生在变异区的核苷酸变异多为有义突变.YNQD38的调控区缺少一个完整的72bp增强子,这种特别的调控区的结构以前未见报道.基于整个基因组构建的进化树显示该株病毒形成了一个独特的组.以上结果表明YNQD38是目前报道的SV40中变异最大的一株,而且也是第一株被完整测序的SV40中国株.这个报道不仅为SV40中国株的基础研究提供了一个完整清楚的分子生物学资料, 还对这样一株高度变异的SV40能否成为人类致病因子进行了初步探讨.
SV40、全基因组序列测定、高度变异
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R373.9(医学微生物学(病原细菌学、病原微生物学))
卫生部疾病控制司科研项目
2006-03-30(万方平台首次上网日期,不代表论文的发表时间)
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