不同病理类型甲状腺癌共同调控网络的转录组学整合研究

摘要：

目的 对甲状腺乳头状癌(PTC)、滤泡状甲状腺癌(FTC)、甲状腺未分化癌(ATC)、甲状腺髓样癌(MTC)的共同调控网络进行转录组学整合研究,分析它们之间重要的特异调节因子和调节信号通路.方法 在基因表达综合数据库(GEO)中的高通量基因芯片数据库筛选出3个代表性数据集以形成大数据集,获得不同病理类型甲状腺癌患者间的差异表达基因(DEG),对筛选出的DEG进一步分析以筛选出共同表达的DEG.对共同表达的DEG进行基因本体(GO)功能注释和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析,并进行蛋白相互作用网络可视化分析,识别共同调控转录因子,最后应用Kaplan-Meier法评估获得的转录因子与甲状腺癌患者预后的关系.结果 共筛选出了191个共同表达的DEG,利用生物学信息注释及可视化数据库(DAVID)共得出96项重要富集的基因功能,主要调节细胞周期和免疫调节等相关信号通路,得出5条KEGG通路,主要包括碱基切除修复、膦酸盐和次膦酸盐代谢、致病性大肠杆菌感染、癌症中的蛋白聚糖、细胞黏附分子通路.蛋白相互作用网络发现25个关键节点与蛋白-蛋白间相互作用显著关联,使用iRegulon插件对关键基因进行转录因子预测,结果有14个重要的转录因子高度富集于蛋白网络中,其中E2F转录因子1(E2F1)、核因子κB亚基(NFKB)1和NFKB2均是甲状腺癌患者预后的危险因素,Ikaros家族锌指蛋白2(IKZF2)和髓样锌指蛋白1(MZF1)均是甲状腺癌患者预后的保护因素.结论 E2F1、NKFB1、NFKB2、IKZF2、MZF1被认为是不同病理类型甲状腺癌调控网络中共同表达的DEG的主要调控因子,这可能为甲状腺癌的恶性机制提供新的见解.

关键词：甲状腺癌、差异表达基因、关键节点、转录因子、调控网络

所属期刊栏目：21

分类号：R736.1(肿瘤学)

资助基金：云南省科技厅-昆医联合专项202001AY070001-039

在线出版日期：2023-05-29（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共7页

页码：609-614,666