食管鳞状细胞癌差异表达基因的筛选及功能分析

摘要：

目的 通过生物信息学方法分析食管鳞状细胞癌组织与癌旁正常组织之间的差异表达基因及关键基因.方法 自基因表达综合(GEO)数据库下载的基因芯片数据集GSE38129、GSE17351、GSE92396中筛选出食管鳞状细胞癌与癌旁正常组织之间的差异基因,通过DAVID数据库对差异基因行功能富集分析,通过京都基因与基因组百科全书(KEGG)数据库对差异基因进行相关通路分析,通过Cytoscape构建蛋白-蛋白互作网络并从中找出关键基因,应用UALCAN数据库对关键基因进行表达分析.结果 本研究共筛选出食管鳞状细胞癌与癌旁正常组织中共同表达差异且差异有统计学意义的基因250个.差异基因主要作为细胞组件(CC)中的细胞-细胞黏附连接、细胞外环境等参与生物学途径(BP)中的核糖核酸聚合酶Ⅰ启动子转录的正调控、氧化还原反应、细胞黏附等作用,参与的分子功能(MF)有蛋白质结合、钙离子结合、细胞间黏附等功能.后从250个基因中筛选出13个关键基因,13个基因在食管鳞状细胞癌组织与正常食管组织中的表达情况比较,差异均有统计学意义(P﹤0.05).结论 通过生物信息学的方法对差异基因和关键基因进行分析,探寻食管鳞状细胞癌中的关键基因及其相关生物学特征具有重要意义.

关键词：食管鳞状细胞癌、生物信息学、差异表达基因

所属期刊栏目：21

分类号：R735..1(肿瘤学)

资助基金：国家自然科学基金;国家重点研发计划;国家重点实验室开放基金

在线出版日期：2023-05-08（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共5页

页码：486-489,511