基于网络药理学和分子对接探究色氨酸及其代谢物对阿尔茨海默病的作用机制

摘要：

目的:采用网络药理学和分子对接技术探究色氨酸及其代谢物对神经变性疾病阿尔茨海默病(AD)的作用机制.方法:借助数据库及文献调研筛选色氨酸及其体内代谢物为研究对象,Swiss Target Prediction在线平台预测色氨酸及其代谢物作用靶点,通过GeneCards、OMIM、TTD数据库获取AD疾病靶点,利用Venny 2.1软件获取交集靶点.借助Cytoscape 3.9.1软件构建"目标化合物-靶点"网络图.使用String在线平台进行蛋白相互作用(PPI)分析,结合Cytoscape 3.9.1软件构建PPI网络图,通过度值、中介中心性、节点紧密度筛选关键靶点.采用DAVID数据库对交集靶点进行基因本体(GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析.通过RCSB PDB和PubChem数据库获得靶点和化合物的结构,利用pymol软件和autodock vina软件进行分子对接.结果:筛选出色氨酸及其代谢物共11个目标化合物,包括邻氨基苯甲酸、犬尿酸、黄嘌呤酸、朱砂精酸、喹啉酸、色胺、血清素、褪黑素、N-甲酰犬尿氨酸、色氨酸、5-羟吲哚乙酸.筛选得到233个成分靶点基因,1824个疾病靶点基因以及80个交集基因,涉及作用于AD的GO分析475条,KEGG分析120条,涉及的关键靶点为MMP9、NR3C1、PTGS2、MAPK 1、EGFR等多个靶点,涉及多巴胺能突触、神经活性配体-受体相互作用、前列腺癌、cAMP信号通路、FOXO信号通路等通路.分子对接结果显示色氨酸及其代谢物与AD关键靶点结合活性较高且对接构象较稳定.结论:色氨酸及其代谢物通过多靶点、多通路发挥防治AD的作用.

关键词：神经变性疾病、阿尔茨海默病、网络药理学、色氨酸、代谢物

所属期刊栏目：5

分类号：R741.05(神经病学与精神病学)

资助基金：成都市医学科研课题2021406

在线出版日期：2023-01-05（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共9页

页码：282-290