栲属EST序列中微卫星含量及特征

摘要：

采用生物信息学方法对栲属Castanopsis (D.Don) Spach EST序列中微卫星DNA的含量、分布、碱基组成和频率等进行了分析.通过搜索,在3354条栲属EST序列中共查找到802个SSR位点,平均1.733 kb核苷酸序列分布一个SSR位点,其中有74.56％的SSR位点分布于长度为500～799 bp的EST序列.栲属EST-SSR的主要重复类型为二核苷酸,占SSR总数的42.39％.此外,A/T (97％)、AG/CT(80％)、AAG/CTT(30％)分别为单核苷酸、二核苷酸和三核苷酸的优势重复基元.现有栲属EST-SSR的长度分布于10-224 bp之间,重复数总平均为9.11次,其中有29.30％的EST-SSR长度大于20 bp.研究结果表明,栲属EST-SSR具有丰富的多态性,可利用栲属EST-SSR序列开发一批具有应用价值的SSR分子标记供遗传多样性研究所用.

关键词：栲属、EST-SSR、微卫星、重复单元

所属期刊栏目：43

分类号：S718.4(林业基础科学)

资助基金：江西省优势科技创新团队建设计划项目20152BCB24014和院博士启动项目2011511102共同资助.

在线出版日期：2016-10-27（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页码：630-634