基于茶树芽叶转录组序列的EST-SSR分布特征研究

摘要：

采用生物信息学方法对茶树(Camellia Sinensis)叶部不同发育阶段(单芽/三叶)转录组中的EST-SSR位点信息进行分析,以期为茶树分子标记辅助育种提供有效的参考.利用SSRFINDER软件,对茶树芽叶转录组的高通量测序获得的97454条Unigenes序列(100.91Mb)进行大通量SSR位点的筛选,共获得36249个SSR位点,分布于27913条Unigenes序列中,其发生频率为28.64％,平均分布密度为1/2.78 kb.在茶树芽叶的转录组序列中共发现962种碱基重复基元,其中占主导的是以(AG/CT)n为主(占总SSRs的23.78％)的二核苷酸重复,占到总SSRs的59.19％,其次是三核苷酸和单核苷酸重复,其占比分别为20.92％和13.13％.茶树芽叶转录组所含不同重复基元SSRs的平均长度,相对全器官转录组较短,其中占比最高的是重复长度为18bp的中长重复序列,占到总SSRs的23.37％,而大于25 bp的较长序列重复极少.同时对茶树不同器官转录组测序的SSR分布特性进行了分析比较,以期为后续的分子标记开发提供参考.

关键词：茶树、微卫星、芽叶转录组

所属期刊栏目：43

分类号：S571.1

资助基金：安徽省科技专项13Z03012,安徽省创新型省份建设专项15CZS08032和国家自然科学基金31500566共同资助.

在线出版日期：2016-06-22（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页码：170-175