海鞘(Ciona intestinalis)新microRNA基因的识别及其靶标预测

摘要：

microRNAs(miRNAs)是一类长度约22 nt的非编码小RNA,通过碱基互补配对的方式调控靶基因的表达.本文采用同源搜索的方法,以线虫、果蝇、文昌鱼和人类的miRNA为探针,与海鞘的基因组序列进行比对,同时结合miRNA二级结构特征及SVM假阳性分析共发现10个新的miRNA基因.通过靶基因预测,共找出225个潜在靶基因,这些靶基因主要参与细胞代谢、转录调节、结合活性等功能.新miRNA基因的识别为海鞘miRNA功能研究奠定了基础,并为更进一步揭示脊椎动物miRNA的起源与进化提供了理论依据.

关键词：miRNA、玻璃海鞘、生物信息学预测、靶基因

所属期刊栏目：37

分类号：Q811.14(生物工程学(生物技术))

资助基金：国家自然科学基金30970348;教育部新世纪优秀人才支持计划项目NCET-07-0405

在线出版日期：2011-01-07（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页码：695-702