基于支持向量机(SVMs)的人类核心启动子的识别

摘要：

本文采用基于支持向量机(SVMs)的方法预测了4类含有核心启动子元件的启动子和含有CCAAT-box的启动子.4类核心启动子元件分别是DPE,BRE,TATA-box和Inr.特征提取采用基于位点权重矩阵(PWMs)的程序Promoter Classfifer进行.本文预测结果的敏感度,确定度,以及相关系数均高于三种启动子预测方法(Promoterlnspector(PI),Promoter 2.0 Prediction(PP)和Neural Network Promoter Prediction(NNPP),使敏感度和确定度同时高于0.84,其中TATA-box预测结果可使敏感度和确定度同时高于0.95.

关键词：人类核心启动子、支持向量机(SVMs)、位点权重矩阵(PWMs)、预测、识别

所属期刊栏目：12

分类号：Q78(基因工程（遗传工程）)

资助基金：浙江省教育厅资助项目20060522;中国计量学院校科研和教改项目0100802-0040;中国计量学院校科研和教改项目

在线出版日期：2006-12-28（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共4页

页码：64-66,76