基于竞争性内源RNA网络探讨豆甾醇干预肺鳞癌的作用机制

摘要：

目的:利用生物信息学和网络药理学方法,对肿瘤基因组图谱(TCGA)数据库进行分析,探究豆甾醇与肺鳞癌(LUSC)发生发展相关的调控网络及药物作用机制.方法:综合TCGA RNA-seq数据,利用R 4.0.2进行加权基因共表达网络分析(WGCNA)、差异表达分析、基因本体论(GO)分析和蛋白相互作用网络(PPI)分析筛选核心基因,构建竞争性内源RNA(ceRNA)网络,基于网络药理学进行分子对接,分析豆甾醇作用于LUSC的机制.结果:WGCNA联合差异表达分析共确定801个信度高的基因,它们与染色体分离、有丝分裂核分裂、染色体着丝粒区域等功能密切相关.基于PPI分析得出前10个关键基因(CDC20、BUB1、CCNB2、BUB1B、CDK1、CCNB1、KIF2C、NDC80、CDCA8、CENPF),且均与生存率密切相关,最终构建了CDCA8与上游miRNA hsa-let-7b-5p及与之关联的14个lncRNAs的ceRNA网络.豆甾醇与CDCA8对接良好.结论:14个lncRNAs与hsa-let-7b-5p竞争性调控CDCA8,可能在肺鳞癌发生发展过程中发挥重要作用,可能是豆甾醇干预LUSC的潜在机制.

关键词：肺鳞癌、加权基因共表达网络、竞争性内源RNA、分子对接、豆甾醇

所属期刊栏目：32

分类号：R730.2(肿瘤学)

资助基金：北京市科学技术委员会计划资助项目D161100005116001

在线出版日期：2020-12-09（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共7页

页码：423-429