全基因组扩增技术对DNA甲基化保真性的影响

摘要：

目的：采用焦磷酸测序技术对全基因组扩增后DNA甲基化保真性进行研究。方法：采用全基因组扩增试剂盒对L02、A549和HCT116细胞进行全基因组亚硫酸氢盐修饰后的DNA扩增，选择3个特异基因(MGMT、GSTP1和P16)和反映基因组总甲基化水平的LINE1序列，利用焦磷酸测序技术检验扩增前后甲基化的保真性。结果：DNA平均扩增量为246倍，片段长度>1000 bp，符合甲基化检测的基本要求。反映总甲基化水平的LINE1在扩增前后无明显变化；扩增后3个特异基因甲基化的变化幅度与扩增前基因甲基化水平相关。当基因的甲基化水平≥60%时，其扩增前后变化不大；当基因甲基化水平在≥20%~60%之间时，扩增前后的变化较大，且无一致的变化趋势；而当基因甲基化水平低于<20%时，扩增后基因甲基化水平下降显著。此外，焦磷酸测序结果表明全基因组扩增对各特异基因多个CpG甲基化位点的影响与对该基因平均甲基化水平的影响一致。结论：全基因组亚硫酸氢盐修饰后的DNA扩增适用于基因整体甲基化水平和甲基化率≥60%的特异基因的甲基化研究，但会影响低DNA甲基化率基因(<60%)的DNA甲基化的保真性。

关键词：DNA甲基化、全基因组扩增、焦磷酸测序、保真性

分类号：Q3-3

资助基金：国家杰出青年基金30925029;中国博士后科学基金特别资助项目201104373

在线出版日期：2013-09-13（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共6页

页码：247-251,284